Существует два способа предотвращения расширения истории: либо с помощью обратного слэша !, либо с помощью одинарных кавычек:
a@ubuntu:~$ echo "#\!/bin/sh" > ~/bin/run_linux_program
a@ubuntu:~$ echo '#!/bin/sh' > ~/bin/run_linux_program
В сложных конструкциях старайтесь избегать " (двойная кавычка) и вместо этого использовать один ('):
echo "$1" '"$(wine winepath -u "'$2'")"' >> ~/bin/run_linux_program
Я заменил обратные ссылки на $( и ), чтобы сделать строку более ясно.