Я в настоящее время использую последнюю версию Ubuntu с классическим интерфейсом. Время от времени я получаю "дыры" в своем запущенном приложении, выставляющем мое образование. Я не вполне знаю, как я, как предполагается, описываю проблему, таким образом, я загрузил снимок экрана того, что я имею в виду.
Загруженного изображения теперь не стало, так не может проверить, но оно точно походит на проблему, у меня есть с Radeon собственный драйвер (fglrx). Вы случайно используете это? Обходное решение должно переключиться на другую рабочую область и назад. Свободный драйвер (xserver-xorg-video-radeon) не показывает эту проблему вообще для меня, но это испытывает недостаток в некоторой функциональности.