Измените запланированную перезагрузку, чтобы включить одно из следующих значений:
touch /forcefsck; reboot
или
shutdown -rF now
Существование /forcefsck скажет ОС сканировать диски (Я уверен, что это то, что делает вторая команда.
Используйте cron, чтобы запланировать это в течение периода, когда сервер имеет наименьшую нагрузку и отключает другие запланированные проверки (дата / количество монтировок) один раз вы уверены, что он работает правильно.