Я использовал следующую команду, чтобы очистить кеш dns от моего 12.10 ubuntu, и это сработало фантастически.
sudo kill -HUP $(pgrep dnsmasq)
Другим полезным сигналом является SIGUSR1, который сбрасывает небольшую статистику в syslog или как это отмечается из man dnsmasq:
В режиме -no-daemon или при полном (-q), создается полный дамп содержимого кеша.