Как я могу как пользователь root управлять папкой, принадлежащей другим пользователям, используя рабочий стол ubuntu?

Попробуйте использовать ffmpeg.

sudo apt-get install ffmpeg libavcodec-extra-53

По завершении установки используйте следующий шаблон в качестве своей команды в терминале. Например, если вы загрузили файл mkv и хотите преобразовать его в .ogg:

ffmpeg -i /path/to/file.mkv /path/to/file.ogg