OSError: [Errno 2] No such file or directory in juncBASE

Я новичок в python и хочу сделать Alternative splicing Discovery с помощью juncBase, но на первом шаге руководства juncBase у меня ошибка:

sabah@sabah-virtual-machine:~/juncBase/juncBASE_v0.6 $ python2.7 runCufflinks.py -i IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt --txt_ref UCSC.hg19.knownGene_w_gene_symbol_EnsemblChr.gtf --out_dir /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/out --num_processes 2
cufflinks -o /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/out/kidney_cufflinks -g UCSC.hg19.knownGene_w_gene_symbol_EnsemblChr.gtf -u kidney.bam
Traceback (most recent call last):
  File "runCufflinks.py", line 242, in <module>
    if __name__ == "__main__": main()
  File "runCufflinks.py", line 201, in main
    Popen(cmd, shell=True, executable=SHELL)
  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 710, in __init__
    errread, errwrite)
  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1335, in _execute_child
    raise child_exception
OSError: [Errno 2] No such file or directory

Не могли бы вы мне помочь? Когда я набрал python2.7 runCufflinks.py, показаны аргументы этой команды.