Как я могу удалить приложение, которое не будет Software Center?

Вы можете поместить псевдоним в ваш .bashrc-файл (или файл конфигурации для вашей любимой оболочки - они обычно находятся в вашем домашнем каталоге):

alias cd1="cd directory/directory/my_destination/"

Полезная информация об использовании псевдонимов в bash здесь.