Я обновил от 14.04 LTS до 16.04 LTS и так или иначе меню приложения в любом окне, не показывал больше.
Я пытался изменить настройки в конфигурации появления, но без удачи (строка меню местоположения по сравнению с панелью заголовка окна и всегда visibe).
Существует подобная проблема здесь, но она включила новую установку, и ни один из ответов не работал на меня.
Как я могу вернуть свое меню приложения?
После некоторого рытья вокруг я нашел этот поток описание той же проблемы (но для 14,04).
решение просто:
sudo apt-get install indicator-appmenu
не спрашивают меня, почему это отсутствовало..