Да.
В 11.04 (Natty Narwhal) вы сможете использовать «Панель управления Ubuntu One», чтобы выбрать, какие папки сделать это красивым графическим способом.
Однако функциональность существовала в бэкэнд с по меньшей мере 10.10. Акт выбора папки для синхронизации называется «подписываться» на эту папку и отличается от ее создания / удаления (это то, что открывается через Nautilus).
Между тем вы можете получить доступ к функциям через u1sdtool: список всех папок syncdaemon знает, введите u1sdtool --list-folders; то вы используете идентификаторы папки, перечисленные там, чтобы ввести идентификатор в u1sdtool --subscribe-folder=folderid (или --unsubscribe).
Поведение по умолчанию заключается в том, что syncdaemon автоматически подписывается на папки при их создании; вы можете изменить это, отредактировав /etc/xdg/ubuntuone/syncdaemon.conf (или ~/.config/ubuntuone/syncdaemon.conf, чтобы сделать это для каждого пользователя) и добавьте строку udf_autosubscribe = False в раздел [__main__].