Может Ubuntu, SDK и спокойный Создатель сосуществуют на той же машине Ubuntu без одного влияния другой?
Машина запускает Ubuntu 16.04.1 AMD64.
Да, это может, я также использую и Ubuntu SDK и QtCreator без проблемы вообще.
Я предположил бы, что оба совместно используют их настройки. Это Вы не хотите это, необходимо будет переместить настройки одной путем запуска его с-settingspath ~/some/place.
Лучше всего для помещения этого в сценарий средства запуска или файл на рабочем столе.