Firefox просто не может делать стандартную вещь и использовать переменные среды (хотя, честно говоря, это отчасти оправдано, поскольку стандартная вещь не позволяет файлы autoconfiguration прокси). Предпочтения для статических прокси - это
user_pref("network.proxy.http", "wwwproxy.example.com");
user_pref("network.proxy.http_port", 3128);
user_pref("network.proxy.type", 1);
Существует расширение Firefox для использования $http_proxy и аналогичных переменных среды: Environment Proxy.
Environment Proxy предположительно используйте обычные переменные среды по умолчанию или если для предпочтения типа прокси явно установлено значение 5 («Использовать настройки прокси-сервера системы»), но это не работает для меня с версией в Ubuntu 10.04.
user_pref("network.proxy.type", 5);