Исправлено
См. это и это.
TL; DR: просто добавьте -J-Dawt.useSystemAAFontSettings=on -J-Dswing.aatext=true в netbeans_default_options в файл netbeans.conf.
] (netbeans.conf находится в <installdir>/etc/netbeans.conf)
Конечно, перезапустите NetBeans.
Смотрите скриншот результата ниже. Окно Netbeans в крайнем правом углу является onc после применения указанных выше параметров. Все еще не так хорошо, как gedit, но лучше, чем раньше.