Вот правильные методы:

Потоковая копия

Если Вы просто хотите повторно мультиплексировать вместо, повторно кодируют, и если входные потоки совместимы с MP4, можно просто передать копию потоком. Это быстро и сохранит качество:

mkdir out
for f in *.mov; do ffmpeg -i "$f" -c copy -movflags +faststart out/"${f%.mov}.mp4"; done

Повторно закодировать

Если Вы хотите повторно закодировать:

mkdir out
for f in *.mov; do ffmpeg -i "$f" -c:v libx264 -crf 23 -preset medium -c:a aac -strict experimental -b:a 192k -movflags +faststart out/"${f%.mov}.mp4"; done

Корректироваться -crf и -preset согласно Вашим потребностям, как описано в Wiki FFmpeg: Видео H.264, Кодирующее Руководство. Или просто полагайтесь на значения по умолчанию, если это выглядит приемлемым (-crf 23 -preset medium будет использоваться, если Вы опустите эти опции).

Поскольку аудио информация видит Wiki FFmpeg: Руководство по Аудиокодированию AAC.

Потоковая копия один поток, повторно закодируйте другого

Конечно, можно сделать обоих, если Вы предпочитаете:

mkdir out
for f in *.mov; do ffmpeg -i "$f" -c:v libx264 -c:a copy -movflags +faststart out/"${f%.mov}.mp4"; done

Получение ffmpeg

Так как Вы использовали ffmpeg тег я предположу, что это - то, что Вы хотите использовать. Ubuntu 14.04 не обеспечивает ffmpeg, но даже если бы это сделало то я рекомендовал бы использовать недавнюю сборку, так как разработка очень активна. У Вас есть 4 основных опции, как описано в FFmpeg на Надежном человеке Ubuntu (статическая сборка, или PPA является самым легким).