Если вы перетаскиваете среднюю кнопку мыши (или нажмите Alt после того, как вы начали перемещать значок, чтобы он не запускал перемещение окна), а затем отпустите файл, появится контекстное меню, дающее вам выбор Копировать, Переместить, ссылку и т. д.
Пример перетаскивания файла на мой рабочий стол:
Курсор будет иметь небольшой знак вопроса, затем когда вы отпустите это всплывающее окно:
Кто-то подал отчет об ошибке с Nautilus для поддержки перетаскивания правой кнопкой мыши, но разработчик счел это ненужным.