На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я новый пользователь Ubuntu. Я установил ubuntu несколько дней назад, и его корневой раздел постоянно заполняется. Почему это может произойти?
Одной из причины этого является файл журнала, сходящий с ума и бывший заполненный, du-sh в порядке, но Ваша попытка искать вокруг Вашей системы.
Я запустил бы в/var/logs и выполнил бы часы на нем, видеть если, насколько это выращивает более чем час или 3.
sudo watch du -sh /var/log
Можно попробовать другие каталоги как / домой также.