Эта проблема связана с GRUB2, иногда путающей систему нумерации разделов, например, указав set root = '(hd0,1)' для Vista, когда эта ОС фактически находится на втором разделе (hd0,2) диска , См. Http://linuxnorth.wordpress.com/2011/01/02/installation-of-ubuntu-10-04/
Его можно исправить, изменив меню GRUB2, чтобы указать записи Windows на правильные разделы диска. Обратите внимание, что файл grub.cfg должен быть отредактирован косвенно. См .: http://linuxnorth.wordpress.com/2011/01/02/installation-of-ubuntu-10-04/