Xdesktopwaves, Xsnow, Xpenguins не будут работать

#!/bin/bash
killall nautilus

Был бы ваш скрипт. убедитесь, что вы сделали его исполняемым

chmod +x nameofscript.sh

все, что вам нужно было бы сделать, это поместить скрипт в последовательность запуска с использованием.

Systems> Preferences> Startup Applications.

Я бы сначала подождал следующего перезапуска, возможно, это займет немного больше времени.