Не способный установить rJava в R

Я не могу установить rJava пакет в R.

Если я работаю sudo R CMD javareconf:

*** JAVA_HOME is not a valid path, ignoring
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_161
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include - 
I$(JAVA_HOME)/../include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-8- 
oracle/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-8- 
oracle/jre/../include/linux     
-fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat - 
Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o 
conftest.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o 
conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-8- 
oracle/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR

JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include - 
I$(JAVA_HOME)/../include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

Я имею, также выполнил следующие команды:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

но я действительно не знаю то, что это, как предполагается, делает...

Наконец, это должно быть упомянуто это

  • если я устанавливаю и выполняю rJava (пользующийся библиотекой (rJava)) в sudo режиме, все в порядке.

  • если я выполняю rJava в режиме обычного пользователя с

    library(rJava)
    

    Я получаю следующую ошибку:

    library(rJava)
    Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
    .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
    error: unable to load shared object '/home/marc/R/x86_64-pc-linux- 
    gnu-library/3.4/rJava/libs/rJava.so':
    libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
    
  • Если я пытаюсь установить rJava в режиме обычного пользователя, я получаю ту же ошибку как предыдущее при тестировании, если пакет может быть загружен:

    ** testing if installed package can be loaded
    Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
    .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
    error: unable to load shared object '/home/marc/R/x86_64-pc-linux- 
    gnu-library/3.4/rJava/libs/rJava.so':
    libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
    Error: loading failed
    Execution halted
    

Любая справка приветствовалась бы.

1
задан 26 April 2018 в 13:00

1 ответ

Попытка:

альтернативы обновления - конфигурируют Java

Это дало вывод как это:

  • 2/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java

Добавьте к своему/etc/environment

JAVA_HOME = '/usr/lib/jvm/java-8-oracle'

И затем удалите и переустановите r-основу:

склонные sudo - добираются, удаляют r-основу

склонные sudo - получают r-основу установки

Теперь попробуйте установку rJava снова.

0
ответ дан 8 December 2019 в 01:26

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: