У меня была такая же проблема с пользовательским цветным приглашением, хотя я содержал цветовые коды в пределах \[ и \] разделителей. Оказывается, у bash есть проблемы, отражающие цвета внутри функции. Я просто использовал переменные для моей подсказки, и хотя мой .bashrc немного менее изящный, теперь все работает хорошо.