Как поддерживаются пакеты в Ubuntu

Я не на это 100%, но я уверен, что Wubi не делает реального раздела. Кажется, что ваш диск содержит один раздел (Windows) и «поддельный» раздел Ubuntu.

Я нашел это в вики Ubuntu относительно превращения установки Wubi в обычную.

Имейте в виду, что если резервное копирование всех ваших файлов не является проблемой, очистка диска с помощью чистой установки Ubuntu, вероятно, будет проще всего.