Начиная с Ubuntu 11.04, exfat автоматически запускает работу, если установлен fuse-exfat.
У меня была такая же проблема после обновления с Ubuntu 13.10 до Ubuntu 14.04. У меня также был файл .xsession-errors: последняя строка:
init: dbus pre-start process (PID XXXX) terminated with status 2
Проблема также находилась в каталоге .cache/upstart. У него были разрешения drw-------, поэтому я даже не смог войти в него. Я просто добавил бит выполнения, перезапустил X, и теперь он работает.