Самый простой способ - использовать Ubuntu Tweak. Нажмите «Администрирование» и выберите «Тип файла управления». С левой стороны выберите «Все», найдите файл bittorrent и замените программу по умолчанию. (не уверен, что все имена верны, потому что я не использую английский язык по умолчанию)
что вы подразумеваете под «закладкой»? Я помню, что однажды в терминале gnome вы можете добавить несколько закладок (и теперь эта функция больше не существует, AFAIK), но я не помню, чтобы можно было экспортировать такие закладки с компьютера на другой.
Если вы ищете что-то экспортируемое, возможно, вы можете сбросить небольшой скрипт, сделав что-то вроде
gnome-terminal -e "ssh -X [and whatever you want] user@hostname.domain"
Cheers,
Silvia