Помимо заголовков VBR, не соответствующих фактическому звуку (который вы бы использовали mp3val для исправления, как указано в другом ответе), еще одна причина, по которой это может быть вызвано, - это файл MP3 с тегом ID3, который имеет неправильный значение для тега TLEN. Вы можете исправить это, используя инструмент mid3v2 из пакета mutagen, чтобы удалить тег (по-видимому, его необязательный):
$ mid3v2 --delete-frames=TLEN filename.mp3
Музыкальный плеер Quodlibet также имеет удобный плагин «Fix MP3 Duration» вы можете использовать это.
(Взятый из Quodlibet FAQ: http://quodlibet.readthedocs.org/en/latest/guide/faq.html)