Из того, что вы упомянули выше, я считаю, что факт наличия нескольких файловых менеджеров вызывает какую-то проблему. Попробуйте переконфигурировать nautilus с помощью этой команды:
sudo dpkg-reconfigure nautilusЕсли это не сработает, переустановка Unity должна выполнить трюк:
sudo dpkg-reconfigure nautilus
sudo apt-get install --reinstall ubuntu-desktop sudo apt-get установить единство