Вы можете использовать только один оконный менеджер за раз. Как было написано psusi, Ubuntu выбирает между Metacity и Compiz в зависимости от ваших настроек.
Metacity и Compiz - это всего лишь два менеджера окон, доступных в стандартной настройке Ubuntu, но есть еще много доступных, и большинство из них можно использовать с Гном. xwinman дает хороший обзор того, что доступно, и имеет краткое объяснение общих концепций, стоящих за оконными менеджерами.