После тестирования некоторых тем расположение поиска становится безубыточным на теме по умолчанию.
У меня есть та же точная проблема.
Я использую тему оболочки GTK Мохаве (https://github.com/vinceliuice/Mojave-gtk-theme).
Я получил зафиксированный путем удаления (возвращение) их темы GDM и перезагрузка:
cd Mojave-gtk-theme sudo ./install.sh -r