Если вы открываете синаптический режим, нажмите кнопку источника слева. Synaptic теперь будет перечислять пакеты из каждого репозитория. Выберите необходимый репозиторий, щелкните один раз в первом столбце и пакеты будут отсортированы по статусу установки. Отметьте все пакеты для удаления (если вам не нужен пакет) и попробуйте выполнить обновление еще раз.