На # 1, чтобы получить список:
sudo dpkg --get-selections > software_list
Чтобы переустановить список при новой установке:
sudo dpkg --set-selections < software_list
sudo dselect
На # 2 вам нужно знать, где файлы конфигурации. (Резервное копирование файлов в / etc и ваш домашний каталог как минимум).
На # 3, да, это возможно. Тем не менее, позже вы могли бы узнать, как установить отсутствующее приложение, возможно, другой репозиторий.