Большинство настроек для приложений находятся по умолчанию в вашей домашней папке. Если вы нажмете Ctrl+h в Nautilus, вы увидите эти папки. Я нашел самый простой способ - просто rsync папки, которые вам нужны для конфигураций. Что-то вроде этого:
rsync -avz me@remote:/home/me/.foo me@remote:/home/me/.var me@remote:/home/me/.ack me@remote:/home/me/.bar /home/me/
Вы также можете просто перетащить всю домашнюю папку на новую машину, но это может вызвать проблемы в зависимости от ваших настроек.