После добавления файла .desktop параметр меню не запускает приложение

Оба они - менеджеры пакетов. Программный центр прост в использовании, но синаптика сложнее и предоставляет больше возможностей (более подробная информация о пакетах, например). Synaptic скоро будет удален из Ubuntu (но все еще доступен для установки), так как программный центр может выполнять работу (здесь).