Это нечетно. Комбинация имеет два текстовых файла, которые были сгенерированы той же программой в различные даты. Каждый появляется прекрасный, но другой нечитабельно. Проблема не существует в терминале. Я недавно обновил до 16,04. Возможно, это имеет некоторое отношение к этому?
обновление: согласно комментариям один файл находится в ISO и другом в UTF-8.