Ubuntu 14.04 + VMware 6: Left Ctrl и Right Shift не работают

Насколько я понимаю, параметр -an просто удалит звук с выхода. Если это не то, что вы хотели, тогда вам нужно использовать команду -map и указать, как отдельные потоки из разных источников должны отображаться на выходе. Следующий пример берет только первый поток из первого файла (обычно видео) и аудио из второго файла.

avconv -i input0.mkv -i input1.m4a -map 0:0 -c:v copy -map 1 -c:a copy output.mp4