Откройте терминал и введите
gksudo nautilus
Просмотрите расположение документов. Перейдите в свойства и установите разрешение для владельца, а также группы как чтение и запись. Теперь попробуйте удалить папку из другого окна nautilus (без привилегий root).
Не забудьте owner , что супер пользователь nautilus, как только он вам не понадобится больше!