С 18.04 я мог использовать gnome-tweaks для обмена клавишами Control и Caps-Lock, и это сохранялось за пределами приостановки / возобновления и перезагрузки. Теперь, в 20.04, это не сохраняется. Даже приостановка стирает его.
Большинство связанных вопросов по этой теме устарели.
Это описано в сообщении об ошибке https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/mutter/+bug/1899206 . В цепочке релизов движется исправление ошибки. А пока вы можете решить эту проблему, понизив версию mutter, как указано в диалоге ошибок:
sudo apt-add-repository -up ppa:~gunnarhj/mutter
sudo apt-get install libmutter-6-0=3.36.6-1ubuntu0. 20.04.3~ppa2