Вопросы Теги

Не удается установить определенную версию библиотеки pgmm в R

Я пытаюсь установить определенную версию библиотеки pgmm в R, и это не удается:

> library(fs)
> old_lib <- path_home_r("R/x86_64-pc-linux-gnu-library/old-versions/")
> library(remotes)
> install_version("pgmm", version = "1.1", lib = old_lib, build = TRUE)
Downloading package from url: https://cloud.r-project.org/src/contrib/Archive/pgmm/pgmm_1.1.tar.gz
Running `R CMD build`...
* checking for file ‘/tmp/Rtmp6Jj3B0/remotes3b5e8d11b5fe/pgmm/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘pgmm’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* cleaning src
* checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
* checking for empty or unneeded directories
* looking to see if a ‘data/datalist’ file should be added
* building ‘pgmm_1.1.tar.gz’
* installing *source* package ‘pgmm’ ...
** using staged installation
** libs
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-PsrVor/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c aecm.c -o aecm.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-PsrVor/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c gaussj.c -o gaussj.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-PsrVor/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c myalloc.c -o myalloc.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-PsrVor/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c pgmm.c -o pgmm.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-PsrVor/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c updates.c -o updates.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o pgmm.so aecm.o gaussj.o myalloc.o pgmm.o updates.o -L/usr/lib/R/lib -lR
/usr/bin/ld: gaussj.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:4: multiple definition of `testfunc2'; aecm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:4: first defined here
/usr/bin/ld: gaussj.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:1: multiple definition of `testfunc'; aecm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:1: first defined here
/usr/bin/ld: myalloc.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:4: multiple definition of `testfunc2'; aecm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:4: first defined here
/usr/bin/ld: myalloc.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:1: multiple definition of `testfunc'; aecm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:1: first defined here
/usr/bin/ld: pgmm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:4: multiple definition of `testfunc2'; aecm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:4: first defined here
/usr/bin/ld: pgmm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:1: multiple definition of `testfunc'; aecm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:1: first defined here
/usr/bin/ld: updates.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:4: multiple definition of `testfunc2'; aecm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:4: first defined here
/usr/bin/ld: updates.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:1: multiple definition of `testfunc'; aecm.o:/tmp/RtmpGlEBF9/R.INSTALL3b70d1f18017d/pgmm/src/functions.h:1: first defined here
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [/usr/share/R/share/make/shlib.mk:6: pgmm.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘pgmm’
* removing ‘/home/eric/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/old-versions/pgmm’
Warning message:
In i.p(...) :
  installation of package ‘/tmp/Rtmp6Jj3B0/file3b5e87e350a98/pgmm_1.1.tar.gz’ had non-zero exit status

Каталог "R/x86_64-pc-linux-gnu-library/old-versions/" существует, и 1.1 версия пакета pgmm также существует. Любые предложения по исправлению будут очень признательны.

1
задан 21 May 2021 в 04:52

2 ответа

На Ubuntu 20.10 можно установить pgmm 1.1, используя gcc-9:

sudo apt-get install gcc-9
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-9 9

и затем скомпилировать пакет R.

Чтобы вернуть версию gcc к версии по умолчанию, используйте команду ниже:

sudo update-alternatives --remove-all gcc
2
ответ дан 28 July 2021 в 11:38

Проблема связана не с конкретной версией R pgmm, а с любым расширением R, которое не соответствует рекомендациям Написание расширений R: 1.6.4.1 Общие символы при сборке с использованием GCC 10 и выше.

Мы можем продемонстрировать использование минимального functions.h , скопированного из pgmm / src , плюс пару минимальных исходных файлов на C, которые оба включают его: 

$ head functions.h A.c B.c
==> functions.h <==
double (*testfunc)(double **, double **, int *,int,int,int,int,double *,double *,double);
typedef typeof(testfunc) funcType;

double (*testfunc2)(double **, double **,int,int,int,int,double *,double *,double);
typedef typeof(testfunc2) funcType2;

==> A.c <==
#include "functions.h"

==> B.c <==
#include "functions.h"

Затем с GCC 10 , используя значение по умолчанию -fno-common : 

$ make CC=gcc-10 A.o B.o
gcc-10    -c -o A.o A.c
gcc-10    -c -o B.o B.c
$ gcc -shared A.o B.o && echo "OK" || echo "FAILED"
/usr/bin/ld: B.o:(.bss+0x0): multiple definition of `testfunc'; A.o:(.bss+0x0): first defined here
/usr/bin/ld: B.o:(.bss+0x8): multiple definition of `testfunc2'; A.o:(.bss+0x8): first defined here
collect2: error: ld returned 1 exit status
FAILED

, тогда как с -fcommon 

$ rm *.o
$ make CC=gcc-10 CFLAGS=-fcommon A.o B.o
gcc-10 -fcommon   -c -o A.o A.c
gcc-10 -fcommon   -c -o B.o B.c
$ gcc -shared A.o B.o && echo "OK" || echo "FAILED"
OK
$

Решением является либо сборка с использованием более старой версии GCC, либо настройка процесса сборки R, как описано в R Установка и администрирование: 6.3.3 Настройка компиляции пакета для передачи опции -fcommon через переменную CFLAGS .

См. Также:

1
ответ дан 28 July 2021 в 11:38

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: