Поменять местами не на новой установке

, если вы хотите использовать новейший сервер сообщества с dev.mysql.com Мне нравится советовать вам не загружать .deb-пакет, а tar-файл Generic Linux для вашей архитектуры (32/64 бит) и устанавливать его как подробный в http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ru/binary-installation.html. Перед этим удалите все существующие части старого сервера.

Во время процедуры установки, описанной выше, создайте файл /etc/my.cnf перед первым запуском сервера. Шаблон my-medium.cnf из каталога файлов поддержки всегда является хорошей отправной точкой.