Невозможно использовать функцию resolve () в GNU R с Ubuntu 20.04

Вчера я обновил свою машину с Kubuntu 19.10 до 20.04 и пока доволен обновлением. Но я обнаружил критическую проблему с моей установкой GNU R после обновления и прошу вашей помощи.

Проблема в том, Я не могу использовать функцию resolve () в GNU R. В частности, всякий раз, когда я пытаюсь инвертировать матрицу с помощью указанной функции, консоль зависает. Ниже я более подробно объясню эту ситуацию.

Рассмотрим код

D = matrix(
data = c(1, 2, 3, 4),
nrow = 2,
ncol = 2,
byrow = TRUE
)
solve(D)
  1. Если я запустил код в R, вызванный с терминала, скажем, Konsole, сеанс зависнет.
    • Я знаю, что точное время зависания системы наступает, когда я выполняю функцию resolve ().
    • Согласно htop, в этом случае одно ядро ​​моего процессора используется на 100%.
  2. Если я запускаю тот же код в консоли RStudio, код работает должным образом. Однако, если я вызываю его с помощью терминала внутри RStudio, сеанс зависает.
  3. Запуск R с --vanilla не решает проблему.
  4. Перезагрузка ПК с использованием моей внешней графической карты, переустановка пакета r-base-core в apt и попытки использования различных эмуляторов терминала не помогают.
  5. Из документации функции resolve () в R видно, что решение (A, B) фактически принимает два аргумента: A - это матрица, а B - вектор или матрица. Если B - вектор, он решает линейную систему Ax = B. Если B - матрица, он решает AX = B и возвращает X. Если во втором аргументе ничего не указано, он автоматически принимает единичную матрицу подходящего размера как B. Первая функция решения линейной системы работает. Однако, если я укажу матрицы в качестве второго аргумента, произойдет та же проблема.
  6. Использование QR-разложения с qr.solve (A) по-прежнему хорошо работает.

Вот мои вопросы:

  1. У кого-нибудь была такая же проблема, как у меня?
  2. Я также прошу рекомендаций, как решить эту проблему.

К вашему сведению, я использую R версии 3.6.3, установленную из репозитория apt по умолчанию.

Спасибо за чтение, и будьте в безопасности!

шт. Я задаю этот вопрос в этом сообществе Ubuntu, поскольку считаю, что это проблема, связанная с Ubuntu (или на самом деле проблема с моей конкретной машиной), поскольку я не нашел соответствующей информации или отчетов об ошибках на веб-сайтах, связанных с R.


При выполнении кода N0rbert из исполняемого файла сценария bash сеанс зависает при решении (D).

kobyeongmin@odie:~/Temp$ ./r-test.sh 

R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> D = matrix(
+ data = c(1, 2, 3, 4),
+ nrow = 2,
+ ncol = 2,
+ byrow = TRUE
+ )
> solve(D)

Кроме того, вот результат, R и R - версия:

kobyeongmin@odie:~$ which R
/usr/bin/R
kobyeongmin@odie:~$ R --version
R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
https://www.gnu.org/licenses/.
2
задан 24 April 2020 в 11:40

1 ответ

Я получил неоценимую помощь от списка рассылки R-help. Это связано с ошибкой в ​​пакете libopenblas0-pthread, которую можно решить, удалив libopenblas-pthread-dev и libopenblas0-pthread и установив libopenblas-openmp- dev.

Для получения дополнительной информации обратитесь к списку рассылки R-help примерно в начале мая 2020 г., а также к списку debian-science: https://lists.debian.org/debian-science/2020/04/msg00081.html.

2
ответ дан 10 May 2020 в 08:23

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: