Как перечислить все установленные / активированные модули Apache на сервере

Лучшее решение: не запускайте весь апплет с правами root. Поместите все возможное в апплет, который работает с нормальными правами пользователя. Создайте отдельную программу, которая изменяет необходимые файлы и запускает ее через sudo (или suid).

Для конфигурации sudoers запустите visudo. Попробуйте что-то вроде

yourusername ALL=(ALL) NOPASSWD: /usr/local/bin/your_command.py

Чтобы разрешить запуск определенных команд с правами root.

Другой способ: добавить файл acl в эти файлы, принадлежащие root, чтобы разрешить изменения вашим пользователем.

Для получения дополнительной информации см. man setfacl (из пакета acl).