Вы можете использовать xsel. Чтобы установить его, запустите эту команду в терминале:
sudo apt-get install xsel
Теперь, когда вы хотите очистить буфер обмена, введите xsel -bc
. Для получения дополнительной информации об этой команде введите [d1 ] xsel
Источник: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1234219