Была та же проблема на Ubuntu 15.10.
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/mysql-5.6/+bug/1434758 - принесли решение:
проверьте, существует ли /lib/systemd/system/mysql.service или /lib/systemd/system/mysqld.service (в моем случае), если нет, создайте /lib/systemd/system/mysql.service и скопируйте контент к этому файлу https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/mysql-5.6/+bug/1434758/comments/11 и добавить две строки где-нибудь в файлеLimitNOFILE=infinity
LimitMEMLOCK=infinity
, если один или оба существующих файла, проверьте, включены ли эти две строки: LimitNOFILE=infinity
LimitMEMLOCK=infinity
выполнить systemctl daemon-reload ... и все должно быть хорошо.