Поскольку вы распаковываете двоичные файлы в свою систему, вам будет проще просто удалить и установить пакеты еще раз.
Uninstall
sudo apt-get remove libboost-all-dev
Затем установите его снова с помощью
sudo apt-get install libboost-all-dev
Наконец, вы можете очистить
sudo apt-get autoremove
Не уверен, что вы удаляете большие файлы, но одно мгновенное устранение неполадок - это проверить ваш мусор. Ubuntu считает мусор против дискового пространства, то есть он не автоочищается, но требует, чтобы он явно удалял его до того, как пространство, занятое удаленными файлами, станет доступно для использования.