Dell Vostro 3560 перегревается и вентилятор тихий, и скорость низкая

How do you save the configuration files of certain application like
for instance Thunderbird, Firefox?

Чтобы сделать резервную копию данных ваших приложений, вам нужно посмотреть в своей личной папке для папки . (скрытые, нажмите CONTROL + H, чтобы увидеть их). Например, Firefox (и другие приложения Mozilla) сохраняет ваши личные данные в папке с именем .mozilla. Thunderbird делает это с помощью папки с именем .thunderbird. Другие, например Google Chrome / Chromium, используют папку .config, имеющую подпапку. (ex, .config/google-chrome)

Чтобы создать резервную копию этих настроек, просто скопируйте нужные папки, просто запомните, где они были, прежде чем вставлять их обратно.

Когда вы копируете папку приложения, вы скопируйте ВСЕ его предпочтения, историю, базы данных и т. д., чтобы сохранить закладки, расширения и другие личные данные.

I have some applications like MATLAB and Maple (Based on JAVA) installed.
When I migrate, can I just copy the entire installation folder to the
new version of Ubuntu?

Да, вы можете это сделать, но только с приложениями, которые были полностью установлены в этом каталоге. Некоторые приложения устанавливают основное приложение в вашем домашнем каталоге, но некоторые библиотеки или мультимедийные файлы (например, значки) в других папках. Будьте осторожны с этим, лучше всего переустановить, но вы можете их использовать.

* вы также должны проверить совместимость, но они должны работать с файлом

When doing a backup which folders should be backed up?

Наиболее важной папкой является /etc, главным образом потому, что вы можете изменили несколько файлов, таких как конфигурация Samba, конфигурацию сервера SSH, файл hosts и другую конфигурацию, которую вы также могли бы изменить, не зная, и было бы лучше сохранить, а не вернуться к значениям по умолчанию (например, обновлениям предпочтения и т. д.)

Другие папки зависят от того, что вы установили и / или изменили (например, XAMPP установлен в каталоге /opt, а файлы конфигурации находятся в его собственной папке)

I have BURG installed. How can I do a backup of it?

Я не совсем уверен, думаю, вы можете просто создать резервную копию установленных тем (если есть). Переустановите в новой установке и восстановлении Ubuntu. Но, опять же, это зависит от того, что вы изменили.

When I perform the clean install of ubuntu, would GRUB (bootloader)
be removed and in anyway jeopardize my windows installation?

Нет, GRUB никогда не удаляется, его можно обновить, но это не повлияет на вашу установку Windows. Кроме того, помните, что у вас есть BURG, который изменяет поведение GRUB

How do I make a backup of all my PPA and would they be compatible to the newer
version of ubuntu when I restore them?

Единственный способ, который я знаю, это вручную создать резервную копию всех ваших .list, расположенных по адресу /etc/apt

Вы должны скопировать sources.list и все файлы, расположенные в /etc/apt/sources.list.d/

Надеюсь, что ответили на все ваши вопросы.