Да, вы можете. Откройте главное окно VirtualBox, перейдите к File, Preferences и измените Default Machine Folder на нужную папку / раздел.
Но если вы хотите узнать, как это сделать вручную, вы просто переформатируете свой Linux-раздел и затем установите на него. Поэтому рекомендуется хранить личные данные (например, домашний каталог) на отдельном разделе.
Этот параметр действительно существует в программе установки. Когда дело доходит до раздела секционирования установки, есть возможность перезаписать существующий дистрибутив Linux и заменить его новым. Просто выберите это, и вы на своем пути.
Но если вы хотите узнать, как это сделать вручную, вы просто переформатируете свой Linux-раздел и затем установите на него. Поэтому рекомендуется хранить личные данные (например, домашний каталог) на отдельном разделе.