douggro абсолютно прав, / var / run монтируется как tmpfs, а / var / run - символическая ссылка на / run, которая постоянно перезагружается, поэтому все, что входит в / run, также будет отображаться (и оставаться в нем) /var/run.
Таким образом, любые сервисы загрузки, такие как mysqld, который является демонами, запущенными во время загрузки, которые создают файлы в / run, также будут иметь файлы, видимые в / var / run (символическая ссылка на / run запомнить). Если вы хотите создать файл, который будет сохраняться при перезагрузке в / var / run, создайте его в / run и перезагрузите.
Надеюсь, что это ответит на ваш вопрос.