Nautilus иногда отказывается переименовывать файлы или папки - терминальные работы

Посмотрите в ~/.bash_profile или ~/.bashrc для программ, которые могут «застревать» (или, возможно, более вероятно, что вы будете что-то печатать), остерегайтесь таких вещей, как grep с отсутствующими аргументами файла). При необходимости вы можете добавить set -x вверху либо так, чтобы оболочка отображала вам, что она запускает, прежде чем запускать ее.