Если у меня есть отдельный домашний раздел и переустановлена ubuntu, будет ли безопасно удалять все файлы конфигурации?
Вы можете удалять файлы и папки внутри папки ~/.config.
В этой папке обычно хранятся пользовательские настройки. Удаление этой папки не наносит серьезного вреда, кроме как сбросит все ваши предпочтения.