Нет, ничего не происходит из Windows при загрузке в Ubuntu. Это всего лишь пакет безвредных файлов на жестком диске.
Если сенсорная панель перестает работать через несколько минут. вы просто подключаетесь к внешней мыши и проверяете, работает ли указатель мыши или нет. Проблема может быть связана с драйвером. Это временное решение, которое необходимо преодолеть при перезагрузке вашей машины.