Какой бы метод вы ни использовали для этого, вы рискуете потерять некоторые или все ваши данные. Я думаю, что наименее рискованным вариантом является, во-первых, сделать резервную копию (например, rsync), за которой следует какая-то проверка. Затем выполните новую установку, создав требуемые разделы. Затем восстановите резервные данные. Наконец, переустановите полный комплект пакетов (возможно, используя aptoncd, он должен быть доступен в репозиториях).
Наиболее вероятным объяснением является ...
Ваш VCS отслеживает исполняемый флаг, и вы используете файловую систему Windows в LinuxПоскольку Windows не имеет EXE-бит, когда вы монтируете Windows FS в Linux, по умолчанию каждый файл помечен как исполняемый файл. Поскольку файлы не были первоначально проверены как исполняемые, это отображается как изменение свойств для каждого файла.
Вы можете противодействовать этому, проверив рабочую копию в родной файловой системе Linux, которая поддерживает исполняемый бит или путем изменения способа установки файловой системы Windows, включив опцию noexec. Обратите внимание, что это предотвратит запуск любой файловой системы в качестве программы.