autoclean: удаляет все сохраненные архивы в вашем кеше для пакетов, которые больше не могут быть загружены (таким образом, пакеты, которые больше не находятся в репо или имеют более новую версию в репо).
clean: удаляет все сохраненные архивы в вашем кеше.
autoremove: совершенно другая вещь, эта опция позволяет искать пакеты, которые установлены как зависимость уже удаленного пакета и удаляет их. Это используется для очистки неиспользуемых зависимостей, которые остаются в вашей системе.
Найден ответ: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=394952