Можете ли вы определить эту пост-установку? Если это так, я бы написал сценарий для запуска после установки инструментов VMware и затем настроить системных демонов. Предварительная установка, может быть трудно найти универсальное решение проблемы.
С разработкой FPGA вы создаете инструментальную цепочку кросс-компиляции независимо (программное обеспечение Xilinx), поэтому это не имеет никакого значения. 64-разрядный - это нормально. Для i386 на i386 необходимо разработать и не перекрестно скомпилировать. В этом случае это спорная точка.
Нет ничего плохого в 64-битной версии Ubuntu. Я использую его в течение многих лет. 64-разрядная версия Ubuntu может запускать как 32-разрядные, так и 64-разрядные программы.
Причина, по которой рекомендуется 32-разрядная версия, заключается в том, что более старые компьютеры могут иметь CPU, который не поддерживает 64 -немного. Если у вас есть компьютер с 64-разрядным процессором, вы можете без проблем использовать 64-разрядную версию.